Este artículo explica comparativamente las políticas de ciencia, tecnología e innovación de cinco comunidades autónomas, desde mediados de los años ochenta hasta principios de la presente década. Sobre la base de cinco estudios de caso, este trabajo describe, en primer lugar, la orientación académica o empresarial de dichas políticas atendiendo a los objetivos de la inversión presupuestaria, el destino de los recursos y las opciones institucionales. A continuación, se analizan los factores explicativos más influyentes, para llegar a una serie de conclusiones sobre las circunstancias bajo las cuales los gobiernos regionales pueden poner en práctica políticas con mayor énfasis en una u otra orientación. A pesar de la influencia de los factores estructurales, en especial en la configuración inicial de las preferencias políticas, el análisis pone de manifiesto la importancia de los intereses movilizados y concentrados en la región, constatándose que los cambios de orientación son particularmente difíciles cuando estos intereses participan en la administración de las políticas. La coyuntura presupuestaria se revela como una de las variables intervinientes que más condicionan la relación entre las preferencias políticas y la orientación resultante, en el contexto de la presión de los intereses. Las preferencias a favor de una reorientación de la política pueden llevarse a cabo con arreglos institucionales adecuados que trasciendan departamentos concretos, sobre todo si se acompañan con incrementos presupuestarios significativos.