La distinction épistémologique entre théorie de la commande et théorie de l'autonomie permet de s'interroger sur la place que peut prendre celle-ci dans les sciences de l'éducation. Son développement semble combler un vide théorique et pratique entre le rôle primordial qu'y joue classiquement celle de la commande et le confinement normatif où est enfermée l'autonomie dans l'enseignement traditionnel.