La mejora de la eficiencia del Sistema Universitario Público español es una creciente necesidad tras la implantación de la LOU y ante la actual restricción presupuestaria. En este contexto, este estudio tiene dos objetivos. Primero, evaluar la eficiencia técnica relativa de nuestras universidades, así como la evolución de la productividad y sus causas, aplicando la metodología DEA a partir de una muestra de 39 instituciones públicas españolas entre los cursos 2002/03 y 2008/09. Segundo, descubrir si existen diferencias significativas entre ellas en eficiencia y cambio productivo en función de ciertas características institucionales. Nuestros hallazgos revelan un nivel aceptable de eficiencia media en el sector durante el periodo analizado, así como un incremento de la productividad. Además, la especialización docente de las universidades parece conllevar niveles significativamente superiores tanto de eficiencia como de mejora productiva.