Este trabajo plantea un doble objetivo. En primer lugar la identificación y análisis, mediante regresiones tipo logit, de las variables determinantes de la propensión de las empresas a establecer acuerdos de cooperación institucionales para la realización de actividades de I+D+i. En segundo lugar, el análisis de las posibles diferencias entre empresas manufactureras y de servicios en dicha propensión a la cooperación institucional, mediante un análisis cluster confirmatorio para la identificación de patrones de comportamiento en función de los determinantes de dicha cooperación. El estudio se realiza a partir de los microdatos de la Encuesta sobre Innovación Tecnológica de las Empresas para el año 2000. Los resultados respecto del primero de los objetivos confirman la importancia de los costes, spillovers, tamaño y realización de actividades propias de I+D+i como determinantes de la cooperación institucional para el conjunto de la muestra, mientras que el estudio separado para manufacturas y servicios muestra que las diferencias entre ambos se limitan fundamentalmente a los supuestos procedentes de la Teoría de los Costes de Transacción, en particular al coste. En cuanto al segundo objetivo, los resultados permiten identificar patrones propios de comportamiento en las empresas españolas.