La diversidad temática y complejidad estructural dc las universidades nacionales argentinas hacen que la identificación de sus perfiles científicos no resulte sencilla. En este estudio sc realiza una aproximación metodulógica para cl análisis del perfil temático y patrones de colaboración de estos dominios científicos, a partir del estudio bibliumétrico de las contribuciones científicas de las facultades que las conforman, sin perder de vista sus posicionamientos relativos respecto de la universidad de la que son parte y del país en su conjunto. Como ejemplo de aplicación de la metodología propuesta sc estudia el caso de una facultad, la Facultad de Ciencias Naturales y Museo (FCNyM) dc la Universidad Nacional de La Plata (UNLP), Argentina. Sc realiza un análisis bibliométrico de sus contribuciones científicas recogidas en el Science Citatino índex versión CD-ROM para cl período 1991-2000, identificando y comparando su perfil, patrones y posiclonamiento científico relativo en los contextos de la UNLP y de Argentina. Los resultados muestran que la metodología propuesta es una altemativa válida tanto para relevar las fortalezas científicas de una universidad como para aportar información cuantitativa y cualitativa de apoyo a la toma de decisiones en materia de planificación y evaluación de sus actividades de investigación.