Propuesta de unificación de herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias proteómicas y genómicas de algas y hongos

• Victor Terrón-Macias ^[1] ; Jezreel Mejía ^[1]
  1. [1] Mathematics Research Center

     Mathematics Research Center

     México

     
• Localización: RISTI: Revista Ibérica de Sistemas e Tecnologias de Informação, ISSN-e 1646-9895, Nº. 53, 2024, págs. 122-137
• Idioma: español
• Enlaces
  • Texto completo (pdf)
• Resumen
  • español

    El análisis de secuencias biológicas es esencial en bioinformática, pero la diversidad de herramientas disponibles presenta desafíos significativos. Este artículo propone una aplicación web que unifica diferentes funcionalidades útiles en el análisis de secuencias biológicas. Desarrollada en Python y Django, integra funcionalidades de BioPython, BioPandas, 3Dmol.js y BLAST, entre otras, que además posibilita su uso a usuarios sin conocimientos de programación. La herramienta abarca el análisis de secuencias de ADN y proteínas, transcripción, alineación, búsqueda de secuencias y más. Dentro de las características más destacables está la eficiencia, precisión al obtener datos cuantitativos del proceso que se está ejecutando y la facilidad de uso.

  • English

    El análisis de secuencias biológicas es esencial en bioinformática, pero la diversidad de herramientas disponibles presenta desafíos significativos. Este artículo propone una aplicación web que unifica diferentes funcionalidades útiles en el análisis de secuencias biológicas. Desarrollada en Python y Django, integra funcionalidades de BioPython, BioPandas, 3Dmol.js y BLAST, entre otras, que además posibilita su uso a usuarios sin conocimientos de programación. La herramienta abarca el análisis de secuencias de ADN y proteínas, transcripción, alineación, búsqueda de secuencias y más. Dentro de las características más destacables está la eficiencia, precisión al obtener datos cuantitativos del proceso que se está ejecutando y la facilidad de use.

• Referencias bibliográficas
  • Armstrong, J., Hickey, G., Diekhans, M., Fiddes, I. T., Novak, A. M., Deran, A., Fang, Q., Xie, D., Feng, S., Stiller, J., Genereux, D., Johnson,...
  • Azza, E., Ahmed, J. M. (2021). Design considerations for workflow management systems use in production genomics research and the clinic. Applications...
  • Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information. (2017). National Center for Biotechnology...
  • Brown, T. A. (2002). Genomes 2. Garland Science.
  • Butterfield, A. (2004). PyEvolve: a toolkit for statistical modelling of molecular evolution. BMC Bioinformatics. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-1...
  • Cazier, J.-B. (2013). Is there too many bioinformatics tools? Encuesta. Universidad de Birmingham. Obtenido de https://www.researchgate.net/post/Is_there_too_...
  • Cock, P. J. (2009). Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics, 1422-1423....
  • Cogent3. Obtenido de https://cogent3.org/
  • Emelianova, K., Riaño-Pachón, D. M., Jimenez, M. F. T. (2023). Making sense of complexity: Advances in bioinformatics for plant biology. Applications...
  • Gasteiger, E. (2003). ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkg563...
  • JGI. (2022). About Us. DOE Joint Genome Institute. Obtenido de https://jgi.doe.gov/ about-us/
  • Maino, R. (2000). Proteómica. El desafío de la post-genómica. Naturee, 403, 601.
  • Raschka, S. (2017). BioPandas: Working with molecular structures in pandas DataFrames. The Open Journal. https://doi.org/10.21105/joss.00279...
  • Rego, N. A. (2014). 3Dmol.js: molecular visualization with WebGL. Bioinformatics, 1322-1324. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu829
  • Rob Knight, P. M. (2007). PyCogent: a toolkit for making sense from sequence. genome Biology. https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-8-r171
  • Vasileiou, D., Karapiperis, C., Baltsavia, I., Chasapi, A., Ahrén, D., Janssen, P. J., Iliopoulos, I., Promponas, V. J., Enright, A. J., Ouzounis,...