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La Comisión Europea, tras instruir el correspondiente procedimiento de infracción, interpuso ante el Tribunal de Justicia un recurso por incumplimiento contra España, referido a varias obligaciones impuestas a los Estados por la Directiva 91/676, de protección de las aguas contra la contaminación producida por nitratos procedentes de fuentes agrarias (arts. 3.4; 5.4; 5.5; Anexos II y III) Los motivos del recurso fueron los siguientes: 1º) No haber designado como zonas vulnerables las “zonas de captación” relevantes en determinados puntos de medición contaminados de varias Comunidades Autónomas (Castilla y León, Extremadura, Galicia, Illes Balears, Canarias, Madrid y Comunitat Valenciana), conforme al art. 3.4; 2º) No haber adoptado, conforme al 5.4, en relación con los anexos II y III, todas las medidas obligatorias necesarias en los programas de acción de las zonas vulnerables designadas en varias Comunidades Autónomas (Aragón, Castilla-La Mancha; Castilla y León; Extremadura y Madrid); y 3º) No haber adoptado las medidas necesarias para reducir la contaminación por nitratos (art. 5.5).
El Tribunal de Justicia, aplicando su doctrina sobre la interpretación de la Directiva, estima parcialmente el recurso y declara que España ha incumplido la norma europea por no haber designado zonas vulnerables en tres de las siete Comunidades Autónomas indicadas por la Comisión (Illes Balears, Comunidad de Madrid y Comunitat Valenciana). También declara el incumplimiento de las obligaciones previstas en los programas de acción aunque en este caso se proyecta sobre la totalidad de las Comunidades Autónomas señaladas por la Comisión (Aragón, Castilla-La Mancha, Castilla y León, Extremadura y Madrid). Por último, no se habrían adoptado las medidas procedentes en relación con la contaminación por nitratos en Aragón, Castilla-La Mancha, Castilla y León y Murcia.
