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A raíz de varias denuncias presentadas en 2009 ante la Comisión Europea por la sobreexplotación de las aguas subterráneas en el espacio natural de Doñana, protegido por las figuras de parque nacional y parque natural así como también por Natura 2000 (ZEPA/LIC ES0000024; Doñana Norte y Oeste -ZEPA/LIC ES6150009- y Dehesa del Estero y Montes de Moguer -ZEC ES6150012), dicha Institución Europea inició un procedimiento de infracción contra el Reino de España; y, posteriormente, interpuso ante el Tribunal de Justicia, un recurso por incumplimiento del Derecho de la Unión Europea. La Comisión alegó que en dicho espacio no se habían adoptado las medidas de protección exigidas por las Directivas 2000/60 (Directiva marco del agua); y, 92/43 (Directiva hábitats).
El dictamen motivado de la Comisión emitido en fase administrativa sostenía los cuatro incumplimientos siguientes: 1º) Falta de adopción de las medidas necesarias para evitar el deterioro del estado de las masas de agua subterránea de Doñana; 2º) No se habían caracterizado adicionalmente todas las masas de agua subterránea del acuífero de Almonte-Marismas en riesgo de deterioro; 3º) Los Planes Hidrológicos del Guadalquivir 2009-2015; y, 2015 2021, no contenían medidas adecuadas ; y, 4º) No se habían adoptado las medidas apropiadas para evitar el deterioro de los hábitats naturales y de los hábitats de especies situados en las zonas protegidas Natura 2000 de la comarca de Doñana.
Los motivos del recurso interpuesto ante el Tribunal de Justicia fueron, respecto de la Directiva marco del Agua, los siguientes: 1º) Incumplimiento de la obligación de evitar el deterioro del estado de las masas de agua subterránea del espacio conforme al art. 4. 1, letra b); 2º) Aplicación incorrecta del art. 5.1, en relación con el punto 2.2 de su anexo II, al no haber realizado una caracterización adicional de las masas de agua subterránea; 3º) El Plan Hidrológico del Guadalquivir 2015-2021 no contempla medidas para evitar que las extracciones de agua subterránea para abastecer Matalascañas alteren los hábitats protegidos por Natura 2000. En cuanto a la Directiva de hábitats, la Comisión adujo el incumplimiento de la obligación de evitar el deterioro de los hábitats que motivaron la designación de los espacios Natura 2000 de Doñana (art. 6.2).
