El Tratado de Lisboa ha sido considerado como un verdadero punto de inflexión en lo que se refiere al uso del Derecho penal en la protección del medio ambiente en Europa. Ese avance, a nivel europeo, es la lógica consecuencia de la necesidad de afrontar los crecientes problemas ambientales, que se ha suscitado casi a nivel global, actualizando para ello los diferentes sistemas legislativos, proceso en el que no ha sido ajeno la normativa Comunitaria. Baste señalar que por medio del Tratado de Lisboa se introdujo la temática penal como un elemento fundamental de la construcción judicial europea, incrementando la competencia de la Unión para crear incriminaciones comunes entre los distintos Estados. Hasta llegar a ese punto, el proceso fue largo y complejo, con toda una serie de iniciativas de diferente signo adoptadas al respecto, precisamente debido a las posiciones encontradas entre de las diferentes instituciones comunitarias. Tales controversias acabaron resolviéndose, en esencia, gracias a la STJUE de 13 de septiembre de 2005, abriendo así la vía que facilita el uso del Derecho Penal para la protección del medio ambiente. Con la citada sentencia el TJUE allanó el camino al planteamiento adoptado más tarde por el Tratado de Lisboa, que se firmó el 13 de diciembre de 2007 durante el Consejo Europeo de Lisboa. El resultado final de todo este proceso, y en lo que a la protección penal del medio ambiente se refiere, fue la Directiva 2008/99/CE, de protección del medio ambiente mediante el Derecho penal, así como la Directiva 2009/123/CE, sobre contaminación procedente de buques.