En los últimos años un sector de nuestra doctrina ha defendido con fuerza la necesidad de modificar el actual modelo de instrucción de nuestro proceso penal, en el sentido de a atribuir a los fiscales la dirección de la misma, en detrimento de los actuales magistrados o jueces de instrucción, tomando como ejemplo al resto de sistemas procesales europeos, y en pos de la mejora en la consecución de principios tales como la eficacia y celeridad del procedimiento.
Sin perjuicio de la importante labor de control de la instrucción por parte de la Fiscalía, es precisamente la autonomía de actuación del juez instructor a la hora de iniciar la investigación y delimitar el marco subjetivo, lo que garantiza ese equilibrio, más si cabe, cuando nos hallamos inmersos en nuestro país, en un contexto de múltiples denuncias por actuaciones irregulares o delictivas cometidas supuestamente por personas que ostentan posiciones de poder.