Todo procedimiento sancionador comporta la existencia de dos partes contrapuestas: la parte acusadora (quien reclama la aplicación de la ley) y la parte acusada (a quien se le reclama el cumplimiento de la ley); y frente a estas dos partes, un tercero, que es el órgano, imparcial e independiente, que da la solución a la controversia nacida entre las partes. Esta estructura, básica del proceso penal, es trasladable al procedimiento sancionador administrativo y, en consecuencia, al procedimiento sancionador tributario.
La separación del procedimiento de comprobación e investigación del procedimiento sancionador y la regulación de este procedimiento, con la debida diferenciación entre la fase instructora y la fase sancionadora, encargada cada una de ellas a órganos distintos, efectuada por la Ley 1/1998, supone un avance respecto al cumplimiento del derecho fundamental a una tutela judicial efectiva del artículo 24 de la Constitución, aplicable a toda actividad sancionadora de la Administración, por ser manifestación del ius puniendi del Estado, y en la que se deben salvaguardar todas las garantías del imputado para la defensa de sus derechos en un procedimiento debido, justo y legalmente establecido.
Para el efectivo cumplimiento de este derecho fundamental en el procedimiento sancionador tributario, que incluye un derecho al proceso, derecho a no declarar contra sí mismo, derecho a la igualdad de las partes en el proceso y la imparcialidad del órgano de la Administración tributaria encargado de resolver el procedimiento sancionador y, en su caso, de imponer la sanción, será necesario que exista una verdadera separación entre el procedimiento de comprobación e investigación y el procedimiento sancionador, para lo que se llevan a cabo una serie de propuestas, como una distribución de funciones y una especialización por parte de la Administración tributaria.