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Después de la etapa colonial, el siguiente período de presencia jesuita en Centroamérica tiene lugar en la segunda mitad del siglo XIX. Si la primera época estuvo atravesada de creatividad apostólica y éxitos educativos, el celo misionero y el conflicto caracterizaron esta segunda, los mismos que vivía la Iglesia en toda América Latina retada por la independencia y el Estado liberal moderno. Estas páginas, en continuidad con las ya escritas sobre la época colonial, quieren ser un bosquejo de aquellos años difíciles, hasta heróicos, para los jesuitas y de sus trabajos en tierras centroamericanas.
Tras un breve recuento sobre el final de la antigua Compañía centroamericana, abordaremos el período que se inicia en 1842 con la llegada a Guatemala de los jesuitas belgas como capellanes de los colonos establecidos en Santo Tomás de Castilla y que concluye en 1896 cuando los superiores, presionados por el obispo Alejandro Peralta, optan por cerrar la pequeña comunidad del templo de San Francisco de Panamá y trasladar a sus miembros a Cartagena. Panamá era para entonces el único reducto jesuita en Centroamérica tras las expulsiones impuestas por los liberales en Guatemala, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica.
Con el cierre de Panamá, finaliza esta segunda etapa de la historia de los jesuitas en América Central. Se dispersaron entonces por Colombia, Ecuador, Cuba, fuera de algunos que regresaron a España. La mayoría pasó a pertenecer jurídicamente a la misión de Colombia, que por decisión del P. Ledochowski se constituiría, el 8 de diciembre de 1924, en Provincia independiente. La siguiente etapa se iniciará, ya en el siglo XX, primero en Panamá (1902) y posteriormente en El Salvador (1915) y Nicaragua (1916) cuando los jesuitas regresen para extender su trabajo apostólico a todos los países del área hasta el presente.
