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En la segunda mitad de 1881, el Consejo Superior de Instrucción Pública había prohibido al clero salvadoreño el ejercicio de la actividad educativa privada, exceptuando teología, y la fundación de liceos y colegios. Sin embargo, la libertad de enseñanza, sin excepciones, había sido establecida en la Constitución de 1880, y desde este principio liberal, el clero luchó denunciando la violación de su derecho constitucional a educar y fundar colegios privados. El Gobierno de Zaldívar terminó haciendo valer la Constitución, evitando así el triunfo de algunos de los funcionarios anticlericales, también liberales, que buscaban completar la laicidad educativa del Estado salvadoreño.
