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La gestión de los fondos europeos exige la liquidación de cuentas por la Comisión y por las autoridades nacionales y, en su caso, la aplicación de correcciones financieras derivadas del incumplimiento de las normas europeas que exigen su devolución por sus beneficiarios. En España la canalización de los fondos europeos ha puesto a prueba el funcionamiento del Estado de las Autonomías pero también requiere que cada nivel de gobierno y de administración sea efectivamente responsable. La Ley General de Subvenciones ha establecido desde 2003 los principios generales de reparto interno de responsabilidades financieras e incluso se ha desarrollado un procedimiento relativo a los fondos agrarios; sin embargo, no existe una aplicación generalizada de estos mecanismos transparentes que mejorarían considerablemente la eficacia de los fondos de la Unión Europea en España.
