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La región amazónica, por la que pasará la carretera Interoceánica, es la zona de la selva peruana que manifiesta una de las mayores agrupaciones de biodiversidad del mundo, escondiendo una elevada reunión de endemismos, gracias a su buen estado de conservación en general y a la imponente diversidad de ecosistemas. En la región hay unos pasivos ambientales y sociales significativos que proceden de los impactos generados gradual y acumulativamente a partir de la construcción, en las décadas de 1940 y 1950, de vías de penetración a la Amazonia desde Cuzco y Puno. Los impactos ambientales más factibles, vistos a unos diez años, comprenden aumento de la deforestación, degradación de bosques tropicales, penetración de áreas protegidas, mayor representación de incendios en los bosques, propagación de cultivos ilegales, obtención anárquica del oro e incremento de la caza y la pesca.
