El programa de investigación de la Nueva Economía Institucional presenta unas sólidas bases teóricas que resultan adecuadas para el trabajo teórico y aplicado en ciencia regional. En este artículo, se presenta una versión regional del Teorema de Coase y se establecen los fundamentos para el desarrollo de una Economía Regional de los Costes de Transacción, edificada sobre la noción de costes de transacción y la de instituciones. De este modo, se sientan las bases teóricas para un enfoque neoinstitucional con el que abordar el estudio del desarrollo económico regional.