Existe una evidente inadaptación de los dispositivos institucionales en los modos de regulación de los recursos pesqueros. Los sistemas de gestión basados en los TAC no han podido eliminar los problemas de la sobreexplotación de los stocks y de la sobrecapitalización del sector. La posibilidad de introducir en los mecanismos de regulación las cuotas individuales transferibles, es decir, la capacidad de conferir y de asignar a cada pescador un derecho individual para pescar una cantidad determinada de una especie concreta en un periodo especifico es defendida por ciertos autores como la fórmula más eficiente para alcanzar una mayor valorización de 'los recursos y garantizar la sostenibilidad biológica. No obstante, también se subraya que en la medida que dichos derechos exclusivos de pesca puedan ser vendidos, negociados, intercambiados o transferidos por sus propietarios puede acarrear un proceso de concentración y de no favorecer la equidad social.
Dos peligros acechan la aplicación de las CIP; los desplazamientos de las épocas de captura y la quasi-privatización de las áreas de pesca. Sin embargo, su aplicación ayuda a la adopción de decisiones ajustadas a las expectativas previstas y evita ciertas disfunciones en lo que concierne a las condiciones de acceso a los caladeros y a las posibilidades de pesca en dichas áreas.
En España, la legislación ha ido progresivamente avanzando hacia la aplicación de derechos de pesca individuales transferibles en lo que atañe a la pesca industrial y que faena en aguas comunitarias, para mantener un sistema más tradicional de acceso en lo que concierne a la pesca costera y de bajura. La Ley 3/2002 sanciona dicha transferibilidad de los derechos de pesca, aunque evita pronunciarse en torno a las CJP. En Europa, tras la aprobación de la reforma de la Política Común de Pesca, las pautas a desarrollar en los mecanismos de gestión se inclinan por las C1P, aunque todavía no existe un reglamento directriz en este sentido.