Introdução: Após a Organização Mundial de Saúde decretar o Coronavírus, como uma pandemia, diversos países adotaram como estratégia para reduzir a progressão o isolamento social, prejudicando muitos setores, incluindo, a educação, forçando adaptações que a população não estava preparada, havendo uma exacerbação de sintomas e transtornos psicossomáticos. Objetivo: Analisar impactos das mudanças no processo de ensino e aprendizagem na percepção de docentes e discentes durante a pandemia do COVID-19 dos cursos de saúde. Método: Trata-se de um estudo quantitativo, transversal, prospectivo, observacional e descritivo com os discentes e docentes dos cursos da área de saúde, constituída por uma aplicação de um questionário estruturado com a percepção de ensino, aprendizagem e saúde mental, dados sócio-demográficos e sócio-ocupacionais. Resultado: Observou-se sobrecarga de trabalho, dificultando planejamento e o preparo de aula, gerando desestímulo na carreira docente, aos discentes obteve altos índices de faltas nas aulas, além do desinteresse. No que se refere a saúde mental, observou-se que a qualidade do estudo e trabalho apresentou maior redução sendo o principal influenciador no processo ensino e aprendizagem. Conclusão: A saúde mental está estreitamente ligada ao processo de ensino e aprendizagem, a pandemia trouxe um aumento de transtornos mentais impactando na relação do trabalho e estudo.