Embora a aquicultura esteja em desenvolvimento de forma contínua e exponencial, alguns riscos podem acontecer, como surgimento de doenças e carrear contaminantes químicos, tanto para fauna ictica quanto em humanos. Frente a isso, os peixes são indicadores de contaminação, uma vez que podem apresentar alterações branquiais, uma vez que é um dos tecidos que entram em contato direto com o ambiente aquático. Com isso, o presente estudo objetivou detectar as alterações branquiais de Oreochromis niloticus em indivíduos juvenis, intermediários e adultos criados em tanques-rede, em dois rios localizados no norte do estado do Paraná, e correlacionar essas alterações com alterações do ambiente. O estudo coletou 168 tilápias do Nilo nos meses de maio, agosto e novembro de 2010 e fevereiro de 2011. Após eutanásia, foi feita biometria, coleta e análise histopatológica. As alterações microscópicas mais frequentes encontradas foram congestão sanguínea, dilatação marginal, fusão lamelar e hipertrofia das células epiteliais. Não foi observada diferença estatística quanto aos meses do ano (p>0.05), porém a lesão foi diferente estatisticamente entre as fases de criação (p<0.05) nas pisciculturas analisadas. Estudos publicados também encontraram as mesmas lesões em situações de contaminação química na água, porém não foi encontrada nenhuma referência que aborde o motivo de grau de lesão quanto à fase de produção dos peixes. A tilápia se mostrou um indicador de contaminação ambiental em rios do Paraná e as lesões branquiais observadas podem ser usadas como biomarcador de contaminação aquática nessa espécie para monitoramento da qualidade da água.