Este estudo epidemiológico descritivo compara os tratamentos de endocardite infecciosa em dois grupos de pacientes: os com afecção em valva cardíaca nativa e os com prótese valvar acometida. Para tal, coletou-se dados do Sistema de Informações Hospitalares do SUS quanto ao número de internações realizadas, média de permanência, número absoluto de óbitos e taxa de mortalidade dos procedimentos, referentes a todo território brasileiro no período de 2013-2022. Verificou-se que o grupo com afecção em valva nativa apresentou valores significativamente maiores de internações e óbitos, ao passo que o grupo com acometimento em prótese valvar apresentou maior tempo de permanência em internação e taxa de mortalidade. Ademais, no período avaliado, constatou-se através de um modelo autorregressivo uma tendência de aumento do número de óbitos e taxa de mortalidade associados ao primeiro grupo e uma de redução da média de permanência do segundo grupo. Fatores que podem contribuir para essa transição epidemiológica incluem o envelhecimento progressivo da população brasileira, quando consideradas as alterações orgânicas presentes na população idosa, e a introdução de novas abordagens, como a estratificação de risco, rápida transferência para centros especializados e o início imediato da terapia antimicrobiana.