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Os tempos contemporâneos demandam uma educação que estimule os estudantes a pensar com autonomia e reflexão crítica, ao mesmo tempo mudanças na formação profissional em fisioterapia foram necessárias para que os currículos atendessem as necessidades específicas das regiões, as expectativas dos docentes e discentes, incluíssem a tríade ensino, pesquisa e extensão, assim, foram elaboradas as Diretrizes Curriculares Nacionais (DCN). Ainda, as instituições de ensino superior (IES) precisam avaliar o clima organizacional que permite conhecer o ambiente de trabalho e o nível de qualidade praticado nas IES. O objetivo da presente pesquisa foi analisar a percepção dos discentes de fisioterapia de duas instituições, sobre a influência da implementação das DCN e aspectos do clima organizacional na sua formação acadêmica. A presente pesquisa teve uma abordagem quanti-qualitativa. A amostra foi composta por discentes formandos de uma instituição pública e outra privada que responderam um questionário e os dados foram analisados de forma descritiva. Verificou-se que o curso e os conteúdos das disciplinas atenderam parcialmente as expectativas dos discentes, o trabalho em equipe e a relação com os docentes foram fundamentais para a formação de qualidade e houveram inovações nas metodologias de ensino. A opinião dos discentes divergiram quanto ao tempo de disciplinas práticas, infraestrutura, atuação nos três níveis de atenção e a busca por atividades de promoção, prevenção e reabilitação, sendo a percepção dos discentes da instituição pública de concordarem parcialmente enquanto da instituição privada concordarem totalmente. Pode-se concluir que implementação das DCN, bem como o clima organizacional influenciam a formação acadêmica.
