En materia de migraciones, Cuba comparte los principales desafíos de los países emisores: las migraciones irregulares, la necesidad de regularización de la condición jurídica de los migrantes, la reglamentación de la migración y el empleo, la lucha contra el tráfico de migrantes y la trata de personas, los efectos sociales de la migración en los propios migrantes, en los países emisores y en los países receptores, el debate sobre los vínculos entre el retorno, las remesas, la calificación de los flujos y el desarrollo, la migración calificada, la pérdida de capital humano calificado y el robo de cerebros, el impacto demográfico, la desestructuración familiar, los efectos de las políticas y regulaciones migratorias internacionales.
En cuestiones de la protección a la niñez, si bien el país es reconocido a nivel internacional por su labor en la protección de la infancia y la juventud. En la actualidad, posee el reto de que una considerable cifras de menores, que a partir de la migración definitiva o temporal de sus padres, quedan a cargo de personas que no resultan suficientes para su cuidado o no ponen interés en ello, poniéndose en peligro los derechos de los mismos.