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Tanto la OTAN como la UE vienen adoptando medidas para la lucha contra el terrorismo transnacional, pero cada una de estas organizaciones ha tenido un acercamiento distinto a la materia debido a sus diferentes antecedentes y objetivos. A pesar que mantienen un sistema institucional para consultas en tiempo de crisis, éste no ha funcionado adecuadamente para la defensa contra el terrorismo debido a la propia naturaleza de las dos organizaciones: la UE actúa en el contexto de la cooperación en matera judicial y policial, mientras que la experiencia de la OTAN se centra en el campo de las operaciones militares.
Ya que se proyectan diferentes respuestas al mismo problema, pocas son las oportunidades de establecer un sistema de cooperación estructurado en la materia. A pesar de los esfuerzos realizados, queda claro que no existe un diálogo adecuado sobre el terrorismo y, por tanto, ambas organizaciones se encuentran frente a un gran reto que deberán superar para lograr combatir conjunta y exitosamente al terrorismo.
