Este artículo analiza la tensión existente entre la Jurisdicción Especial Indígena y la obligación reforzada del Estado colombiano de garantizar la protección integral de los derechos de los niños, niñas y adolescentes víctimas de violencia sexual. Partiendo del reconocimiento constitucional del pluralismo jurídico, se sostiene que la autonomía jurisdiccional indígena constituye una expresión legítima de la diversidad cultural; sin embargo, dicha competencia no es absoluta y encuentra límites claros en el respeto al debido proceso, la prohibición de prácticas revictimizantes y, de manera central, en el principio del interés superior del menor. El trabajo evidencia que, en diversos contextos, las autoridades indígenas carecen de mecanismos especializados de investigación, protección y atención a víctimas de violencia sexual, lo que genera riesgos de impunidad y vulneraciones adicionales a los derechos fundamentales. Metodológicamente, el estudio adopta un enfoque cualitativo de carácter jurídico-dogmático, apoyado en el análisis sistemático de normas constitucionales, estándares internacionales de derechos humanos y jurisprudencia relevante, así como en la revisión crítica de doctrina especializada. Se concluye que, cuando la jurisdicción indígena no garantiza el cumplimiento de los estándares constitucionales y convencionales de protección a la infancia, la asignación de competencia a la jurisdicción ordinaria resulta no solo legítima, sino necesaria, destacándose la urgencia de fortalecer mecanismos de articulación intercultural y las capacidades institucionales para una respuesta efectiva frente a la violencia sexual contra niños, niñas y adolescentes.
This article examines the tension between Colombia’s Indigenous Special Jurisdiction (JEI) and the State’s reinforced duty to protect children and adolescents who are victims of sexual violence. Although the JEI is a legitimate expression of legal pluralism, its competence is not absolute: in sexual offenses, autonomy is limited by due process, the prohibition of revictimizing practices, and the principle of the best interests of the child. Many Indigenous authorities lack adequate mechanisms for investigation and victim protection, creating risks of impunity and further human rights violations. The study concludes that when Indigenous justice cannot meet constitutional and international standards, jurisdiction must shift to the ordinary system, highlighting the need for greater intercultural cooperation and institutional strengthening.