La Comisión Europea interpuso ante el Tribunal de Justicia recurso por incumplimiento de la Directiva sobre los hábitats contra Alemania alegando que dicho Estado no había declarado todavía como zonas especiales de conservación (ZEC) 88 de los 4. 606 lugares de importancia comunitaria (LIC) designados en el mismo ni, por tanto, fijado los objetivos de conservación de dichos lugares; y que tampoco se habían adoptado suficientes medidas de conservación en otros 737 LIC. Se cuestionaban también las prácticas administrativas seguidas en dicho Estado al fijarse los objetivos de conservación, por incumplir el art. 4.4 de la Directiva y en el establecimiento de las medidas de conservación, por infringir su art. 6.1.
Alemania alegaba, entre otras cosas, que se habían declarado casi todos los LIC designados como ZEC y que la Ley Federal de Protección de la Naturaleza (arts. 33 y 34) protege todos los LIC antes de su designación como zonas especiales de conservación.
El Tribunal de Justicia, aplicando su doctrina consolidada sobre los espacios natura 2000 estima la mayoría de imputaciones de la Comisión y declara que dicho Estado ha incumplido obligaciones establecidas en ambos preceptos por la falta de declaración tempestiva de las ZEC y por no haberse fijado en ellos medidas y objetivos de conservación.