En Bolivia, las organizaciones de base indígena han desarrollado un histórico periplo para la restauración territorial y el establecimiento de su autonomía. La presente investigación, cualitativa, descriptiva con estudio de caso múltiple comparativo, realizado en dos municipalidades indígenas de Bolivia —Charagua (Chaco-guaraní) y San Pedro de Totora Marka (altiplano-aymaras)—, da cuenta del proceso efectuado por sus respectivas organizaciones de base y su lucha y dirección sistemática hacia la recuperación territorial y la implantación de sus propios gobiernos. Ambas comunidades comenzaron y finalizaron su proceso de conversión a autogobierno en la misma fecha y según los mismos procedimientos, aunque los resultados fueron disímiles: Charagua aceptó su conversión y Totora la rechazó. El análisis realizado revela las diversas tensiones, pugnas y acuerdos de las organizaciones originarias de base como impulsoras y mediadoras de la consecución o resistencia autonómica gracias al aprovechamiento o la lapidación de las estructuras de oportunidades identitarias, políticas y gubernamentales. Al mismo tiempo, presenta a tales organizaciones como los instrumentos apropiados para la conexión entre lo identitario-territorial y el poder del Estado.