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A prospecção de genes é um dos desafios atuais da ciência. Profissionais da bioinformática, em parceria com biologistas moleculares, precisam analisar grandes volumes de informação. A prospecção de genes, embora tenha avançado bastante nos últimos tempos, ainda constitui-se numa área a ser explorada, principalmente nos organismos eucarióticos. Envolve a combinação de análises in silico e de análises moleculares. A estratégia de prospecção de genes inicia com a construção de uma ou mais bibliotecas de cDNA. Posteriormente, é realizada uma busca de seqüências por homologia, dos genes de interesse, nos bancos de dados públicos. Em seguida, das seqüências selecionadas são identificados domínios conservados, através do alinhamento múltiplo. De posse dessa informação pode-se desenhar primers degenerados para triagem das bibliotecas de cDNA, analisadas para a localização de um ou mais genes de interesse, utilizando sondas marcadas ou estratégias de amplificação por PCR. O espetacular avanço da bioinformática nos últimos anos, aliado à crescente capacidade computacional e velocidade de acesso a Internet, facilitam a realização de novas análises. Trabalhar no desenvolvimento de metodologias e algoritmos que permitam elucidar todas essas combinações entre genes e proteínas é, sem duvida, a nova fronteira da bioinformática e da biologia molecular.
