En affirmant l'exigence de cohérence des actions extérieures de l'Union européenne, le traité de Lisbonne renforce la coordination institutionnelle et étatique dans ce domaine. Les dépenses engagées pour mener à bien les opérations de sécurité et de défense contribuent, elles aussi, a l'unification de la matière. Pour ce faire, elles doivent étre inscrites dans le budget de l'Union, ce qui n'est le cas que de certaines opérations. La Cormmission ne peut donc jouer qu'un rôle secondaire. Sa présence, pourtant souhaitable a l'affirmation de la compétence de l'Union dans ce domaine, est même souhaitée par certains États membres.