Depuis leur accession aux Responsabilités et Compétences Élargies (RCE), les établissements d'enseignement supérieur ont l'obligation de faire certifier leurs comptes par un commissaire aux comptes. Ce sont, alors que les derniers établissements accèderont aux RCE en 2013, quatre vagues, depuis 2009, qui on été certifié, avec ou sans réserve. L'analyse des réponses à un questionnaire, adressé aux établissements, permet de réaliser un bilan de ces premiers contrôles et de sérier les difficultés mais aussi les avancées induites par ce nouvel audit externe d'établissements publics.