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El Reino de España impugnó el nuevo régimen comunitario de ayuda para el algodón adoptado por el Reglamento (CE) nº 864/2004 del Consejo, modificando el Reglamento (CE) nº 1782/2003, que contiene la reformas denominadas "MacSharry" de la Política Agrícola Común, desacoplando las ayudas comunitarias de la producción, mediante un recurso de anulación, interpuesto con arreglo a lo dispuesto en el artículo 230 TCE. Y ello, a pesar de que su posición en el Consejo fue de abstención, comprometiéndose a no recurrir dicho reglamento ante el Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas a cambio, al parecer, de lograr determinadas contrapartidas en el sector del aceite de oliva.
Sin embargo, debido a la presión del sector algodonero (productores, industrias desmotadoras y demás operadores) y a la posición de la Junta de Andalucía, en cuyo territorio se produce casi la totalidad del algodón español, el Gobierno interpuso dicho recurso alegando cinco motivos vulnerados por el Consejo en las medidas impugnadas a saber: a) la violación del Protocolo nº 4 sobre el algodón anejo al Acta de Adhesión de la República Helénica a las Comunidades Europeas, b) la obligación de motivación, c) la desviación de poder, d) el principio de confianza legítima y e) el principio de proporcionalidad.
El Tribunal de Justicia rechaza, mediante sentencia de 7 de septiembre de 2006, los cuatro primeros y estima el recurso por violación por parte del Consejo del principio de proporcionalidad, procediendo, en consecuencia, a anular el capítulo 10 bis del Título IV del reglamento citado, que trata precisamente sobre la ayuda específica comunitaria en el sector del algodón.
Es importante resaltar que dicha sentencia supone un hito histórico, sin precedentes, en la ya dilatada historia de la Comunidad Europea al ser la primera vez, en conocimiento del autor, que el Tribunal anula un reglamento de base del Consejo instaurando un régimen de ayuda en el sector agrícola, donde las instituciones comunitarias tienen un gran margen de discrecionalidad y apreciación.
